要看具體情況。

被對方國家拒絕入境而被遣返的（如未持簽證、旅費不足、未持回程機票等），邊防檢查機關不會扣留你的護照，也就不存在不予簽發(fā)護照的情形。在國外逾期居留被遣返主要看你有沒有主觀故意了，有的人是因為記錯了時間或錯誤解讀了簽證上的停留期限等，一般這種情況邊防檢查機關也不會作出處罰。但是對于惡意非法居留和非法務工被有關國家查獲遣返的，邊防檢查機關就有可能扣留證件并通知當事人戶籍地的出入境管理部門，這種情況下，當事人戶籍地公安機關可能會作出六個月至三年以內不予簽發(fā)護照的決定。個案處理，并沒有特別統(tǒng)一的標準。