1998年成立的急診與危重病醫(yī)學(xué)教研室是重癥醫(yī)學(xué)系前身，成為江蘇省第一個碩士學(xué)位授予點，2001年成立東南大學(xué)急診與危重病醫(yī)學(xué)研究所，建立了江蘇省第一個急診與危重病醫(yī)學(xué)實驗室。

同年被評為江蘇省135工程重點學(xué)科建設(shè)單位，2002年被評為江蘇省省級臨床重點?？?，并以優(yōu)異成績通過每年年度審核。

2004年起開始招收博士研究生，并成為江蘇省第一家危重病專業(yè)護(hù)士的實習(xí)與培訓(xùn)基地。

2010年成為重癥醫(yī)學(xué)國家臨床重點?？?，江蘇省唯一一家重癥醫(yī)學(xué)診療中心。重癥醫(yī)學(xué)系主任邱海波教授現(xiàn)任中華醫(yī)學(xué)會重癥醫(yī)學(xué)分會侯任主任委員、江蘇省重癥醫(yī)學(xué)分會主任委員、江蘇省中西醫(yī)結(jié)合學(xué)會急癥分會主任委員、南京醫(yī)學(xué)會重癥醫(yī)學(xué)分會主任委員、《中華急診醫(yī)學(xué)雜志》副主編、中華內(nèi)科雜志編委，中華醫(yī)學(xué)雜志英文版編委，中華老年心血管雜志編委，中華創(chuàng)傷外科雜志英文版編委、中國危重病急救醫(yī)學(xué)雜志編委。在國內(nèi)外重癥醫(yī)學(xué)領(lǐng)域享有較高聲譽(yù)。重癥醫(yī)學(xué)系1999年開始在缺乏統(tǒng)編教材的情況下，利用自編教材，率先在全國高校開設(shè)重癥醫(yī)學(xué)本科必修課程及碩士研究生學(xué)位課程。已培養(yǎng)碩士研究生54名，44人獲得碩士學(xué)位，2003、2004年、2008年畢業(yè)論文分別被評為江蘇省優(yōu)秀碩士生論文；指導(dǎo)博士研究生9名，為省內(nèi)外培養(yǎng)和輸送了一批高素質(zhì)的人才。為促進(jìn)重癥醫(yī)學(xué)學(xué)科可持續(xù)發(fā)展和保持學(xué)術(shù)前沿地位建立堅實的基礎(chǔ)。與此同時，為進(jìn)一步促進(jìn)學(xué)科發(fā)展，加強(qiáng)國際交流，學(xué)科負(fù)責(zé)人邱海波教授曾作為訪問學(xué)者赴加拿大多倫多大學(xué)訪問近一年，與該校建立了穩(wěn)定的臨床和科研合作關(guān)系，并同加拿大多倫多大學(xué)、意大利都靈大學(xué)、德國Ulm大學(xué)長期進(jìn)行學(xué)術(shù)交流，為重癥醫(yī)學(xué)的人才培養(yǎng)提供了可靠的國際平臺。目前聯(lián)合培養(yǎng)博士生3人。作為科室發(fā)展壯大的核心和可持續(xù)發(fā)展的基礎(chǔ)，重癥醫(yī)學(xué)科長期重視基礎(chǔ)和臨床研究工作，先后承擔(dān)國家自然基金、江蘇省社會發(fā)展基金、江蘇省自然科學(xué)基金、教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才基金、中華醫(yī)學(xué)會臨床醫(yī)學(xué)科研專項資金等資助的多項臨床和基礎(chǔ)研究課題。

2010年“Wnt信號通路調(diào)控MSC向肺泡上皮細(xì)胞分化的機(jī)制研究”獲得國家自然科學(xué)基金和江蘇省自然基金資助，“高表達(dá)ACEⅡ的間充質(zhì)干細(xì)胞移植對急性肺損傷的修復(fù)作用及其機(jī)理研究”獲得國家自然科學(xué)基金資助，“數(shù)字化區(qū)域重癥監(jiān)護(hù)、遠(yuǎn)程會診和臨床決策示范應(yīng)用”獲得江蘇省自然科學(xué)基金重大項目資助；主持負(fù)責(zé)多項國內(nèi)和國際多中心臨床研究，在clinicaltrial上注冊了3項國際和國內(nèi)多中心研究，其中一項國際多中心研究已經(jīng)完成。近年來先后獲得江蘇省科學(xué)技術(shù)進(jìn)步二等獎、江蘇省青年科技獎、多次獲得江蘇省新技術(shù)引進(jìn)獎。

2010年“急性呼吸窘迫綜合征肺開放的臨床進(jìn)步”獲得中華醫(yī)學(xué)科技獎三等獎、江蘇省醫(yī)學(xué)科技獎三等獎。發(fā)表論文100余篇，專著10余部。