1998年成立的急診與危重病醫(yī)學教研室是重癥醫(yī)學系前身，成為江蘇省第一個碩士學位授予點，2001年成立東南大學急診與危重病醫(yī)學研究所，建立了江蘇省第一個急診與危重病醫(yī)學實驗室。

同年被評為江蘇省135工程重點學科建設單位，2002年被評為江蘇省省級臨床重點?？?，并以優(yōu)異成績通過每年年度審核。

2004年起開始招收博士研究生，并成為江蘇省第一家危重病專業(yè)護士的實習與培訓基地。

2010年成為重癥醫(yī)學國家臨床重點?？?，江蘇省唯一一家重癥醫(yī)學診療中心。重癥醫(yī)學系主任邱海波教授現(xiàn)任中華醫(yī)學會重癥醫(yī)學分會侯任主任委員、江蘇省重癥醫(yī)學分會主任委員、江蘇省中西醫(yī)結(jié)合學會急癥分會主任委員、南京醫(yī)學會重癥醫(yī)學分會主任委員、《中華急診醫(yī)學雜志》副主編、中華內(nèi)科雜志編委，中華醫(yī)學雜志英文版編委，中華老年心血管雜志編委，中華創(chuàng)傷外科雜志英文版編委、中國危重病急救醫(yī)學雜志編委。在國內(nèi)外重癥醫(yī)學領(lǐng)域享有較高聲譽。重癥醫(yī)學系1999年開始在缺乏統(tǒng)編教材的情況下，利用自編教材，率先在全國高校開設重癥醫(yī)學本科必修課程及碩士研究生學位課程。已培養(yǎng)碩士研究生54名，44人獲得碩士學位，2003、2004年、2008年畢業(yè)論文分別被評為江蘇省優(yōu)秀碩士生論文；指導博士研究生9名，為省內(nèi)外培養(yǎng)和輸送了一批高素質(zhì)的人才。為促進重癥醫(yī)學學科可持續(xù)發(fā)展和保持學術(shù)前沿地位建立堅實的基礎。與此同時，為進一步促進學科發(fā)展，加強國際交流，學科負責人邱海波教授曾作為訪問學者赴加拿大多倫多大學訪問近一年，與該校建立了穩(wěn)定的臨床和科研合作關(guān)系，并同加拿大多倫多大學、意大利都靈大學、德國Ulm大學長期進行學術(shù)交流，為重癥醫(yī)學的人才培養(yǎng)提供了可靠的國際平臺。目前聯(lián)合培養(yǎng)博士生3人。作為科室發(fā)展壯大的核心和可持續(xù)發(fā)展的基礎，重癥醫(yī)學科長期重視基礎和臨床研究工作，先后承擔國家自然基金、江蘇省社會發(fā)展基金、江蘇省自然科學基金、教育部新世紀優(yōu)秀人才基金、中華醫(yī)學會臨床醫(yī)學科研專項資金等資助的多項臨床和基礎研究課題。

2010年“Wnt信號通路調(diào)控MSC向肺泡上皮細胞分化的機制研究”獲得國家自然科學基金和江蘇省自然基金資助，“高表達ACEⅡ的間充質(zhì)干細胞移植對急性肺損傷的修復作用及其機理研究”獲得國家自然科學基金資助，“數(shù)字化區(qū)域重癥監(jiān)護、遠程會診和臨床決策示范應用”獲得江蘇省自然科學基金重大項目資助；主持負責多項國內(nèi)和國際多中心臨床研究，在clinicaltrial上注冊了3項國際和國內(nèi)多中心研究，其中一項國際多中心研究已經(jīng)完成。近年來先后獲得江蘇省科學技術(shù)進步二等獎、江蘇省青年科技獎、多次獲得江蘇省新技術(shù)引進獎。

2010年“急性呼吸窘迫綜合征肺開放的臨床進步”獲得中華醫(yī)學科技獎三等獎、江蘇省醫(yī)學科技獎三等獎。發(fā)表論文100余篇，專著10余部。