高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的同學毛利蘭一同去游樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現(xiàn)場。
只顧偷看交易的工藤新一，卻忽略了從背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了！如果讓那些家伙知道工藤新一還活著的話，不僅性命難保，還會危及身邊的人。在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，在被小蘭問及名字時，化名江戶川柯南，為了搜集那些家伙的情報，寄住在父親以偵探為業(yè)的小蘭家中。謎團重重的黑衣組織，他所了解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些家伙的真面目，小小偵探江戶川柯南的活躍開始了！1 云霄飛車殺人事件新一在與青梅竹馬的毛利蘭去游樂場玩時無意間目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒發(fā)現(xiàn)，強行灌藥變小。2 董事長千金綁架事件阿笠博士知道新一的真實身份。工藤新一決定隱藏身份，并化名江戶川柯南，轉入帝丹小學。4 大都會暗號地圖事件少年偵探團成立。5新干線爆破事件52 霧天狗傳說殺人事件漫畫中柯南得知了琴酒和伏特加的代號（動畫中為霧天狗殺人事件片頭）。13 奇怪的尋親殺人事件漫畫中宮野明美被琴酒殺害，但動畫版改成了被警察逮捕。43 江戶川柯南誘拐事件工藤夫婦得知柯南身份。48-49 外交官殺人事件服部平次登場，柯南喝下白干暫時恢復。54 電玩公司殺人事件柯南偶遇黑暗組織的成員龍舌蘭，但其被炸死。57-58 福爾摩斯迷殺人事件服部平次知道柯南身份，并開始合作。128 黑暗組織10億搶劫事件灰原哀的姐姐宮野明美被琴酒殺害。129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件宮野志保也變小并逃離組織寄住阿笠博士家，化名灰原哀，說出藥名是APTX4869，轉入帝丹小學。130-131 競技場無差別脅迫事件灰原哀透露組織半個世紀前已經(jīng)策劃某個大計劃。176-178 與黑暗組織的再會柯南和灰原在放學回家的路上，發(fā)現(xiàn)了琴酒的保時捷車，于是對其進行跟蹤，卻被琴酒發(fā)現(xiàn)了車上裝的跟蹤器。但是柯南依然打聽到了黑暗組織準備在杯戶飯店由組織代號為Pisco的成員進行暗殺活動?？履虾突以s到杯戶飯店，琴酒卻早已將雪莉在跟蹤自己的事通知了Pisco，并告訴他雪莉必然也會去杯戶飯店。匹斯可在暗殺得手后偶見到灰原，認出了她是雪莉，于是用麻藥迷昏后藏在飯店的酒窖里?？履显诤突以〉寐?lián)系后，讓她試著喝下白干。于是灰原也變回了成人體形，并因此得以從煙囪逃至飯店頂樓。不料琴酒和伏特加早已在頂樓。在琴酒的拷問下灰原拒不說出離開組織后的行動，身中數(shù)槍。這時柯南趕到，用麻醉槍擊中了琴酒，同時灰原再次由煙囪逃回酒窖，此時白干效力已過，灰原身體變回。既而匹斯可終于露出他的真實面目，在他準備處決灰原時，柯南再次趕到上演英雄救美，而匹斯可則因為暗殺過程中出現(xiàn)了不可挽回的失誤被琴酒滅口。（當時貝爾摩德也在現(xiàn)場，事后息影并在日本定居下來。由于哀感覺當時有其他組織的成員在場，事后柯南開始懷疑她也是組織的一員）。170-171 黑暗中的死角新出智明的父親被其繼母殺害，在柯南的協(xié)助下破案。（新出正式登場）貝爾摩德制造車禍企圖害死新出智明一家，并開始假冒新出智明的身份。另一方面，長大的茱蒂加入了FBI，追查貝爾摩德來到了日本，在察覺了貝爾摩德的企圖后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英語老師的身份潛伏下來，以便于監(jiān)視。188-193 危命的復活柯南變回新一并化妝成黑衣騎士與蘭見面，被化身成新出的貝爾摩德以及茱蒂老師發(fā)現(xiàn)。226-227 格斗游戲的陷阱茱蒂與柯南相識，并看見他借助園子破案（這是茱蒂的首次正式登場，顯然她發(fā)現(xiàn)了柯南不簡單，并且可能已經(jīng)知道了內(nèi)幕）。230-231 神秘的乘客本集剛開始時琴酒和貝爾摩德的一段戲就表明了本集和主線有關。少年偵探團和博士一行在公車上遇到一起去美術館的茱蒂和新出，這時哀感到車上有組織的成員變得非常害怕，后來公車被強盜劫持，雖然最后在眾人的努力下強盜被抓，但是哀留在快爆炸的車上想一死了之，最后被柯南所救 （現(xiàn)在看來哀感覺到的組織成員就是貝爾摩德，而茱蒂與她在一起應該是為了監(jiān)視其行蹤，好在在柯南的掩護下無論是茱蒂或是貝爾摩德都沒有發(fā)現(xiàn)到哀。同時，本集也是赤井秀一的第一次正式登場，在最后他的報告表明他正在監(jiān)視什么人，應該是協(xié)助茱蒂監(jiān)視貝爾摩德）。242 元太的災難灰原哀提到琴酒是左撇子。253-254 本廳刑事戀愛物語4新出醫(yī)生可能發(fā)現(xiàn)了柯南分析案情并利用變聲器。258-259 來自芝加哥的男子柯南等人認識了來自芝加哥的老人“詹姆士·布萊克”，后來他被誤認為是某名人而遭綁架，后在柯南的協(xié)助下被救，并被赤井接走。同時詹姆士也發(fā)現(xiàn)柯南的不一般，稱呼柯南為福爾摩斯、Cool Guy。269-270 犯罪的紀念品事件目暮提到與毛利小五郎相關的案卷被偷，后又被送回來，暗示有人在調查他們，弄得柯南相當緊張。偷案卷的是貝爾摩德，主要目的是了解與新出相關的那個案件（可惜仍然遺漏了細節(jié)），將相關案卷都偷走就是為了誤導FBI她的目標和毛利有關，在故事的最后有赤井監(jiān)視毛利偵探所的畫面，表明了FBI果然將注意力轉向毛利。271-272 匆忙之中的忽略柯南又一次在茱蒂面前破案（這一集有幾點值得注意：一是茱蒂在談話中暗示柯南其身份已經(jīng)暴露，并且提到了FBI。二是在案件中蘭回想起自己曾經(jīng)見到過”帶黑色針織帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事結尾貝爾摩德發(fā)郵件給琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宮野志保（哀）的照片發(fā)飛鏢，旁邊還有柯南和蘭的照片）。277-278 西部名偵探vs英語老師案卷的丟失讓柯南很不安，他基本肯定了克里絲是組織的成員，并進一步懷疑茱蒂=克里絲，剛巧趕來的服部對此很感興趣，于是鼓動柯南去茱蒂的公寓試探，在雙方接觸過程中發(fā)生命案，案子雖然解決，但是對茱蒂的試探未果。（這一集的重點就是在最后茱蒂的浴室的鏡子后面出現(xiàn)的柯南和蘭的照片，并且照片上的字跡和貝爾摩德的一模一樣，按照后來的說法，這是茱蒂曾潛入新出（即貝爾摩德）的房間，發(fā)現(xiàn)相關的照片后復制的，同時茱蒂也借此知道了貝爾摩德的目標是哀。另外柯南最后說的除茱蒂外的另兩個可疑人物應該是赤井和新出）。284-285 中華街雨中的似成相識286-288 工藤新一紐約事件毛利蘭回憶起她和新一去紐約玩發(fā)生的事。289-290 光彥森林迷失記灰原哀提到沼淵己一郎是組織成員一事。307-308 無聲的證據(jù)小五郎受托尋找失蹤的電腦工程師板倉卓，從委托人的談話中柯南了解到他就是當年在電玩公司殺人事件中被炸死的組織成員龍舌蘭接觸的對象。最后通過追查案件，柯南獲得了組織的線索——板倉的日記（案子的最后柯南和蘭遇到了赤井秀一，提到了宮野明美）另外借此，柯南也了解到了當年蘭和赤井相遇。309-311 與黑色組織的接觸柯南通過板倉的日記了解到了黑暗組織的行蹤，并試圖冒充板倉與伏特加接頭，但是被琴酒識破而失敗，險些被Gin抓到（最后柯南和哀離開時，“恰巧”被赤井看到，好像哀也對此有所感覺；板倉的日記中提到黑暗組織的龐大計劃甚至影響到人類的前途，要使時光倒流）。329-330 金錢買不到的友情阿笠博士提到哀的父親宮野厚司是一個很有名的瘋狂科學家，而母親艾蓮娜是一個英國留學生，并且黑暗組織可能正在從事讓死人復活的計劃。335-336 東都現(xiàn)象所的秘密少年偵探團遇到殺人事件，柯南協(xié)助解決。其中值得注意的是在故事的整個過程中柯南和哀都感覺到自己被人跟蹤，不過跟蹤者最后被迫放棄 （最后赤井秀一的出場，表明跟蹤他們的人是FBI，由于哀與照片中的人物相似，因此FBI猜測她就是貝爾摩德的目標。另外最后赤井對著哀的照片說了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相識，奇怪的是茱蒂和赤井好像不常聯(lián)系，也不是經(jīng)?；ネㄐ畔ⅲ?。338-339 四輛保時捷哀得了感冒發(fā)燒，博士和柯南送他去醫(yī)院，但在停車場遇到命案而被阻，后來又遇到購物中的蘭、園子和茱蒂，發(fā)現(xiàn)他們行蹤的赤井秀一也跟蹤而至，最后柯南解決了案件，但是博士卻借茱蒂的車將哀送回了家，并找來新出醫(yī)生給哀看病。故事的最后出現(xiàn)了貝爾摩德將哀的照片燒毀，并說“準備好了嗎？我發(fā)現(xiàn)了，我去找你了”的畫面 （這下哀可算是徹底暴露了，貝爾摩德和FBI雙方都知道了她的住址，貝爾摩德還在博士家安了竊聽器）。340-341 廁所里隱藏的秘密博士家被竊聽，博士帶柯南和哀去訪問哀的父親生前的好友，設計師出島壯平，試圖了解更多關于哀的父親的事。當然在設計所免不了又發(fā)生命案，柯南在破案的同時，也找到了由哀的姐姐設法藏在設計所的，哀的母親留給哀的錄音帶。（哀的母親在留給哀的19歲的錄音中應該提到了某件驚人的事情，不過出于青山愛賣關子的癖好，我們對此仍一無所知。另外在故事的最后，貝爾摩德打電話找組織成員“卡爾多瓦斯”（即蘋果酒）來幫忙，正策劃著某項行動）。343-344 便利店的陷阱茱蒂辭去了帝丹高中的老師的職務（顯然是也將有所行動），不過在蘭和園子到茱蒂家中開聚會時，蘭意外發(fā)現(xiàn)了鏡子背后的照片，覺得十分可疑，于是后來在滿月之夜雙重謎案的時候偷偷鉆進茱蒂老師車子的后備箱，并在最后關頭救了哀。另一方面，貝爾摩德不向蘭開槍并叫她angel，顯然她不想傷害蘭，很多人認為是當時她變裝銀發(fā)殺人魔時新一和蘭救了她的緣故。345 直面黑色組織的對決!滿月之夜的二元神秘事件貝爾摩德利用幽靈船活動，邀請了小五郎、新一和琴酒，試圖調開柯南而刺殺哀；茱蒂了解到了這個計劃，搶先一步接走哀并試圖將貝爾摩德引入陷阱，但是貝爾摩德已經(jīng)知道了這個陷阱，并將計就計作了安排；另一方面，柯南邀請服部平次化妝成自己赴會，而自己在母親有希子的幫助下化妝成哀試圖和黑衣組織接觸；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟蹤眼鏡跟蹤前往；最后，蘭因為想了解茱蒂的真正身份，躲在了茱蒂的汽車的后備箱里……真是錯綜復雜。最后貝爾摩德還是逃脫了赤井的追捕，也又一次放過了柯南，并且向琴酒隱瞞了柯南和哀的事，而茱蒂設法瞞過了蘭，蘭仍然一無所知。（柯南聽到了貝爾摩德給Boss/那位先生/組織頭目發(fā)郵件時的按鍵音）。346-347 尋找屁股上的印記灰原哀拒絕了證人保護計劃。361-362 帝丹高中校園靈異事件真正的新出醫(yī)生回歸。374-375 星星和香煙的暗號山村警官給他奶奶發(fā)信息，開頭按鍵音和Boss的郵件地址很像，是鳥取縣。385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音柯南等人去一鋼琴世家，知道了那天聽到的按鍵聲就是七個孩子的曲子。394-396 奇異屋宇大冒險柯南得知Boss的手機號。425 黑暗沖擊！組織魔爪伸來的瞬間小五郎在與播音員水無憐奈的對話中得知她被惡作劇的門鈴所困擾一事，便與柯南及蘭一同前往憐奈的家。 小五郎等人雖然抓到了犯人,但此時，柯南卻從安裝的竊聽器中覺察到憐奈實際是黑色組織同黨一事。 隨后，黑色組織制定了于下午1點在艾迪P暗殺一個代號為DJ的人的計劃。遭到FBI與柯南的阻止，水無憐奈受傷，昏迷不醒。（在這一集中，出現(xiàn)了兩個新黑衣組織成員：狙擊手基安蒂、科恩）429-430 無法回頭的二人本堂瑛祐登場。462-465 黑暗組織的影子貝爾摩德去水無憐奈出事目擊者家，得到柯南注意。小蘭的新同班同學本堂瑛祐在到毛利偵探事務所做客時有意無意的把話題引向水無憐奈，并希望柯南等人前去調查，引起了柯南的警覺。目擊水無憐奈出事的小孩被疑似貝爾摩德不明女人詢問，并出現(xiàn)了貝爾摩德的口頭禪。484-485 黑色照片的去向柯南和灰原哀進行調查，得到一張本堂瑛祐父親的照片。本堂瑛祐及水無憐奈的身份越來越清晰了。491-504 紅與黑的碰撞本堂瑛祐總給柯南不好的感覺。他四處尋找自己的姐姐本堂瑛海。本堂瑛海與水無憐奈長相一摸一樣，但是血型不對。與此同時，黑暗組織四處尋找水無憐奈，得到FBI幫助的水無憐奈假裝昏迷不醒，被本堂瑛祐襲擊后不得不說出真實身份，原來水無憐奈為CIA的臥底，水無憐奈答應赤井秀一重新返回組織，但是接到的第一個任務就是殺死赤井秀一。赤井秀一疑似犧牲。507-508 卡拉OK包房的死角本堂瑛祐知道柯南身份，打算離開日本，柯南對赤井秀一已死的舉動奇怪。509 紅白黃色與偵探團水無憐奈向茱蒂透漏情報，組織派出了一個厲害的偵探波本（Bourbon)。工藤新一的房子里搬來新房客，名為沖矢昴。據(jù)灰原哀反應來看此人來頭不小。他到底是組織的臥底波本還是重生的赤井秀一？511 推理對決！新一VS沖矢昴柯南發(fā)現(xiàn)沖矢昴的推理能力很強，而且是左撇子，愛喝波本酒。521 殺人犯 工藤新一工藤新一第三次恢復。542-543 魚兒消失的一角巖灰原哀再次感到?jīng)_矢昴的壓迫感。563-564 偵探團VS強盜團臉上帶著燒傷的傷疤、疑似赤井秀一的人出現(xiàn)。右眼有著明顯的被火燒傷的傷疤。在最后此人撿起了搶劫犯的手槍，在柯南被搶劫犯劫持的緊張時刻，開槍救了柯南。（根據(jù)漫畫，此人為右撇子）赤井秀一很喜歡喝波本酒。578-581 召喚危機的紅色前兆、黑與13的暗示、逼近的黑色時刻、紅色的搖擺目標疑似赤井秀一的人再度出現(xiàn)，同時，在商場的茱蒂老師收到了“這里很危險，快逃”的字條（究竟是誰留下的并沒明確指出，但茱蒂認為是赤井秀一留下，且傷疤男即是赤井秀一）。此時沖矢昴也在商場，首次見到了傷疤男，但傷疤男未發(fā)現(xiàn)他。傷疤男將在商場發(fā)生的案件的推理用別人的手機發(fā)給了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲檢驗赤井秀一是否生還，并以此來證實基爾是否是臥底，卻被柯南巧妙地引開。與此同時昴也在尋找傷疤男，而傷疤男卻在被瞄準時對著瞄準鏡露出詭異的笑容。616-621 福爾摩斯的默示錄工藤新一來到倫敦，并第四次恢復身體，并且也是他第一次向毛利蘭正面表白；并且表明工藤夫婦知道灰原哀是APTX4869的研發(fā)者。622-623 緊急事態(tài)252阿笠博士被綁架，片尾灰原哀再次對沖矢昴表示強烈懷疑。646-647 幽靈旅館的推理對決648-650 偵探事務所籠城事件自稱偵探的世良真純登場，并轉入帝丹高中。651 柯南VS平次 東西偵探推理對決茱蒂、卡邁爾在看到世良的照片后表示世良“很像某個人”，而詹姆斯則一眼看出世良是女孩子。656-657 博士的視頻網(wǎng)站世良在第一眼看到博士上傳的視頻時就發(fā)現(xiàn)了博士眼鏡片中印出來的灰原哀的影子，并向光彥、元太打聽了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、鄰居（即沖矢昴）的情況，可見她對灰原有很大興趣。并對著沖矢昴的窗戶說：“我還以為是誰隨隨便便地住進來了呢，不過現(xiàn)在看起來真是杞人憂天了啊……”最后世良將視頻中意外拍到的灰原影像在電腦中刪除。667-668 婚禮前夕自稱偵探的安室透登場，在事件解決完畢后自愿成為小五郎的弟子。671-674 偵探們的夜想曲沖矢昴脫口而出的一句“不要露出那種表情”，似乎讓灰原感到相當在意。貝爾摩得給波本打了電話，同一時間沖矢、世良和安室正在接聽電話，波本似乎就是這三人其中之一。675-676 一丁點都不原諒世良似乎對新一早就有了解的樣子，并對灰原也表現(xiàn)出興趣。世良表示自己認識一個“從來不笑的人”，在注意到傷疤秀一的存在后對其相當關注?；以叵肫饹_矢的那句“不要露出那種表情”，和曾在組織臥底的諸星大（即赤井秀一）的用語十分相似。683 命懸一線的戀愛轉播（現(xiàn)場突入）結尾處安室透為高木的指導警官伊達掃墓，暗示兩人曾是朋友
