1998年被國務(wù)院學(xué)位委員會批準為哲學(xué)一級學(xué)科博士點，在哲學(xué)的全部8個二級學(xué)科（馬克思百主義哲學(xué)、中國哲學(xué)、外國哲學(xué)、邏輯學(xué)、倫理學(xué)、美學(xué)、宗教學(xué)、科學(xué)技術(shù)哲學(xué)）招收博士和碩士研究生度。

1999年經(jīng)教育部批準設(shè)立哲學(xué)問學(xué)科博士后流動站。2002年，馬克思主義哲學(xué)、中國哲學(xué)、外國哲學(xué)、美學(xué)等四個學(xué)科被評為國家重點學(xué)答科。由于學(xué)科發(fā)展的需要，1995年9月宗教學(xué)由原來與哲學(xué)、邏輯學(xué)并列的專業(yè)獨立成系。按照一種新的辦學(xué)模式，宗專教學(xué)系與哲學(xué)系聯(lián)體運作，以求協(xié)力發(fā)展。北京大學(xué)哲學(xué)系對20世紀屬中國哲學(xué)的發(fā)展起了重大的推動作用，并且還將在21世紀對人類文明繼續(xù)作出應(yīng)有的貢獻。