學校創(chuàng)建于1896年。

原名南洋公學，是中國高等教育的多個源頭之一；1911年更名為南洋大學堂，1929年更名為國立交通大學，1949年更名為交通大學；1955年，學校遷往西安，分為交通大學上海部分和西安部分；1959年兩部分獨立建制，上海部分啟用“上海交通大學”校名；1999年，原上海農(nóng)學院并入；2005年，與原上海第二醫(yī)科大學合并。