1903年11月，王嘉偉、蔣尊簋、陶成章、魏蘭、龔寶銓等革命志士在日本東京討論成立光復(fù)會(huì)一事。

后魏蘭、陶成章回到上海找蔡元培商議，終于將光復(fù)會(huì)成立的事情定了下來。為了慎重其事，推舉頗有名望和社會(huì)地位的蔡元培擔(dān)任光復(fù)會(huì)首任會(huì)長，陶成章任副會(huì)長。不久，光復(fù)會(huì)就吸收了徐錫麟、秋瑾、章太炎等能人異士數(shù)百人，勢力遍布江浙及東南亞，成為一支具有巨大影響力的革命隊(duì)伍。1905年，光復(fù)會(huì)全會(huì)并入中國同盟會(huì)，蔡元培被孫中山委任為同盟會(huì)上海分會(huì)負(fù)責(zé)人。雖然如此，但大部分的光復(fù)會(huì)成員還是獨(dú)立于同盟會(huì)進(jìn)行革命活動(dòng)。由于革命手段多傾向于刺殺、暗殺滿清王朝政治要員，光復(fù)會(huì)成為同盟會(huì)中最讓滿清朝廷切齒痛恨而又懼怕的革命團(tuán)體。其領(lǐng)導(dǎo)人陶成章的名言：革命就是造反，改朝換代！1907年5月，由于和光復(fù)會(huì)同志有分歧，蔡元培在滿清政府駐德國公使孫寶琦的幫助下，遠(yuǎn)赴德國萊比錫大學(xué)學(xué)習(xí)，時(shí)間長達(dá)四年。此時(shí)光復(fù)會(huì)的實(shí)際領(lǐng)導(dǎo)人為陶成章、徐錫麟、章太炎等人。