南通大學(xué)鐘秀校區(qū)有教育科學(xué)學(xué)院，地理科學(xué)學(xué)院，體育科學(xué)學(xué)院，藝術(shù)學(xué)院以及杏林學(xué)院。

南通大學(xué)設(shè)有20個(gè)學(xué)院、1個(gè)獨(dú)立學(xué)院（杏林學(xué)院）、1家直屬大型綜合三級(jí)甲等醫(yī)院（南通大學(xué)附屬醫(yī)院）和國(guó)際教育學(xué)院、繼續(xù)教育學(xué)院。 擁有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)2個(gè)博士后流動(dòng)站，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、信息與通信工程3個(gè)一級(jí)學(xué)科博士點(diǎn)，22個(gè)一級(jí)學(xué)科碩士點(diǎn)，10個(gè)碩士專業(yè)學(xué)位點(diǎn)。 學(xué)校設(shè)有106個(gè)本科專業(yè)（2019年招生專業(yè)80個(gè)），涵蓋文學(xué)、理學(xué)、工學(xué)、醫(yī)學(xué)、藝術(shù)學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、法學(xué)、教育學(xué)、歷史學(xué)、管理學(xué)等10個(gè)學(xué)科門類。