湖北省移民局屬于事業(yè)單位性質(zhì)成立之初，稱為省移民辦、省移民局，直屬原省人民委員會(huì)，以后隨著丹江口水庫移民大搬遷結(jié)束，在一個(gè)較長的時(shí)間里，改為一個(gè)處，隸屬省民政廳，對外則以省移民辦的名義協(xié)調(diào)水庫移民方面的工作。

1993年三峽工程動(dòng)工以后，省委、省政府高度重視移民工作，決定在原民政廳移民處的基礎(chǔ)上組建湖北省三峽工程移民開發(fā)局，同時(shí)掛湖北省移民開發(fā)局的牌子，其機(jī)構(gòu)性質(zhì)為依照公務(wù)員管理、具有行政職能的副廳級(jí)事業(yè)單位，為省財(cái)政全額撥款。作為三峽工程移民局，對口國務(wù)院三峽工程建設(shè)委員會(huì)有關(guān)部門，負(fù)責(zé)我省三峽工程壩區(qū)、庫區(qū)移民工作，作為湖北省移民局，對口水利部、國務(wù)院南水北調(diào)工程建設(shè)委員會(huì)、國家計(jì)委等，負(fù)責(zé)部管大型水庫移民工作。2002年11月，省委、省政府為加強(qiáng)對移民工作的領(lǐng)導(dǎo)，決定將省移民局由省民政廳管理調(diào)整為省政府直屬。2006年5月省委、省政府決定，將省移民局升為省政府直屬正廳級(jí)事業(yè)單位，原由省水利廳、省發(fā)改委等部門承擔(dān)的中小水庫87.7萬移民管理工作職能交由省移民局統(tǒng)一管理。