早稻田大學(xué)現(xiàn)有9個學(xué)部：政治經(jīng)濟學(xué)部（政治、經(jīng)濟），法學(xué)部，第一文學(xué)部（文、史、哲），第二文學(xué)部（美術(shù)、文藝、東西方文化），教育學(xué)部（教育學(xué)、英語、國語、社會學(xué)、心理學(xué)），商學(xué)部，理工學(xué)部（理學(xué)、工學(xué)等共13個學(xué)科），社會科學(xué)部（夜間制），人間科學(xué)部（人基礎(chǔ)科學(xué)、人類健康、體育科學(xué)）。

研究生院包括8個研究科：政治學(xué)研究科、經(jīng)濟學(xué)研究科、法學(xué)研究科、文學(xué)研究科、商學(xué)研究科、理工學(xué)研究科、教育學(xué)科研究科、人間科學(xué)研究。12個研究中心和研究所：社會科學(xué)研究所、語言教育研究所、產(chǎn)業(yè)經(jīng)營研究所、現(xiàn)代政治經(jīng)濟研究所、人間綜合研究中心、日語教育研究中心、情報科學(xué)教育研究中心、環(huán)境保護中心等，它們?yōu)榻虒W(xué)、研究合二為一的單位，聘有專職教員，開設(shè)固定課程。 9個本科生院系包括：政治科學(xué)和經(jīng)濟系、文學(xué)系、教育系、科學(xué)與工程系、人文科學(xué)系、法律系、文學(xué)系、貿(mào)易系、社會科學(xué)系。開設(shè)研究生課程的院系有10個，包括政治科學(xué)系、法律系、商業(yè)系、教育系、人文科學(xué)系、經(jīng)濟系、文學(xué)系、理工科系、社會科學(xué)系、亞太研究系。 在早稻田大學(xué)的學(xué)部系科中，大多數(shù)是傳統(tǒng)學(xué)科，幾乎所有系科都能招收研究生，其中尤以政治經(jīng)濟學(xué)部、文學(xué)部、理工學(xué)部最為有名。政治經(jīng)濟部歷史最為悠久，它是該校前身東京專門學(xué)校時就有的學(xué)科。在早稻田大學(xué)的發(fā)展壯大過程中，政治經(jīng)濟學(xué)部學(xué)術(shù)成就輝煌，學(xué)子層出不窮，僅在政界，該學(xué)部的畢業(yè)生中就涌現(xiàn)了日本參眾議員90余人，這樣的業(yè)績在世界大學(xué)中是罕見的。文學(xué)部的前身是東京專門學(xué)校時期坪內(nèi)逍遙博士等人創(chuàng)建的文學(xué)科，后成為早稻田大學(xué)的文學(xué)部。1949年大學(xué)改制，為區(qū)別于夜間制與日間制而分為第一、二文學(xué)部?，F(xiàn)文學(xué)部分哲學(xué)、史學(xué)和文學(xué)3個系，各種專業(yè)19個，擁有900多個授課班級課。理工學(xué)部是該校最大的學(xué)部，它亦起源于東京專門學(xué)校?，F(xiàn)在共有13個系，已有畢業(yè)生6萬余名。早稻田大學(xué)理工學(xué)部早在1964年就開始了對機器人的研究，在紀念德國古典音樂家巴赫200周年時，早大研究的機器人演奏了巴赫的樂章，大獲成功，并引起各國科學(xué)家的興趣和注意。另外，早稻田大學(xué)在建校100周年時建立的一個適應(yīng)世界潮流的全新學(xué)部——人際科學(xué)部 。