三江師范學(xué)堂農(nóng)業(yè)博物科時(shí)期（1902-1912）作為中國(guó)最早成立的農(nóng)業(yè)院校之一，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)的起源可追溯至1902年開始籌建的三江師范學(xué)堂農(nóng)業(yè)博物科。光緒二十八年四月二十三日（即1902年5月30日），兩江總督劉坤一上奏《籌辦學(xué)堂情形折》，呈請(qǐng)?jiān)谠O(shè)水師學(xué)堂、陸路學(xué)堂及格致書院外，另建小、中、高等三所學(xué)堂。劉坤一病逝后，三江師范學(xué)院由張之洞創(chuàng)辦，并于1903年3月開辦于江寧府署，同年遷移至北極閣。其后繼者魏光熹則主持了三江師范學(xué)堂的建造，籌措經(jīng)費(fèi)，管理師資，招考學(xué)生等具體工作。三江師范學(xué)堂設(shè)理化，農(nóng)業(yè)博物，歷史，輿地，手工，圖畫諸科，并設(shè)速成科，而農(nóng)業(yè)博物科先后聘請(qǐng)日本農(nóng)學(xué)士伊藤村雄、安騰安為農(nóng)學(xué)教習(xí)。1906年，時(shí)任兩江總督的周馥將三江師范學(xué)堂改名為兩江優(yōu)級(jí)師范學(xué)堂。改制后的兩江師范學(xué)堂，利用原有的師資設(shè)備，培養(yǎng)理化數(shù)學(xué)、農(nóng)學(xué)博物和手工圖畫技藝方面的中學(xué)教師，具有促使初等教育走向工農(nóng)實(shí)業(yè)生產(chǎn)的意義。課程設(shè)立包括有動(dòng)物學(xué)、植物學(xué)、礦物學(xué)和農(nóng)藝等。尤其在李瑞清任校長(zhǎng)時(shí)，注重實(shí)用教學(xué)，提倡“手腦并用，智識(shí)兼修”，開設(shè)分類科和選科，注重動(dòng)手，不尚空談。把原來(lái)只在課堂上講授的博物科改為農(nóng)業(yè)博物科(農(nóng)學(xué)博物科)，學(xué)生必須兼習(xí)農(nóng)學(xué)。并先后建立了木工場(chǎng)、金工場(chǎng)、農(nóng)場(chǎng)和養(yǎng)蠶室、購(gòu)置農(nóng)田100多畝，耕牛數(shù)十頭，供農(nóng)學(xué)博物科生實(shí)地實(shí)習(xí)之用。南京高等師范學(xué)堂（校）農(nóng)業(yè)專修科與東南大學(xué)農(nóng)科時(shí)期（1917一1927）1914年9月2日，韓國(guó)鈞咨請(qǐng)教育部改“兩江優(yōu)級(jí)師范為南京高等師范學(xué)?！保⑽谓t為校長(zhǎng)籌辦南京高等師范學(xué)校。1914年，私立金陵大學(xué)首設(shè)4年制農(nóng)科，開中國(guó)四年制大學(xué)高等農(nóng)業(yè)教育之先河，1930年，農(nóng)科擴(kuò)展成為金陵大學(xué)農(nóng)學(xué)院。新中國(guó)成立以后，私立金陵大學(xué)農(nóng)學(xué)院改名為公立金陵大學(xué)農(nóng)學(xué)院。1917年，南京高等師范學(xué)校首設(shè)農(nóng)科。1921年，在將南京高等師范學(xué)校部分系科歸入東南大學(xué)后，國(guó)立東南大學(xué)在南京正式成立，兩校用同一個(gè)校園，校門口掛兩塊校牌，校產(chǎn)和經(jīng)費(fèi)也屬兩校共有，但當(dāng)時(shí)的農(nóng)業(yè)專修科仍屬南京高等師范學(xué)校。1922年12月，決議將南京高等師范學(xué)校并入東南大學(xué)。同年7月南京高等師范學(xué)校撤銷，東南大學(xué)學(xué)科涵蓋文理科、教育科、工科、農(nóng)科。自1917年至1927年，涉農(nóng)學(xué)科及院系不斷的得到擴(kuò)充，東南大學(xué)農(nóng)科由農(nóng)藝系（分設(shè)作物、土壤、農(nóng)具等門）、園藝系、植物病蟲害系、農(nóng)業(yè)化學(xué)系（附農(nóng)產(chǎn)制造）、畜牧系、生物系6系。金陵大學(xué)農(nóng)林科（1914一1929）和農(nóng)學(xué)院時(shí)期（1930一1937）1901年，美國(guó)基督教三個(gè)教派建立的匯文、基督、益智三所書院合并，成立了私立金陵大學(xué)。1914年2月，裴義理建議金陵大學(xué)增設(shè)農(nóng)科，得到批準(zhǔn)后，農(nóng)科正式設(shè)立，其目標(biāo)是“培養(yǎng)農(nóng)事指導(dǎo)員”，裴義理出任第一任農(nóng)科科長(zhǎng)，1915年任農(nóng)林科科長(zhǎng)。1916年畢業(yè)于康奈爾大學(xué)農(nóng)學(xué)院的農(nóng)學(xué)士、農(nóng)藝教師茵思婁（J:HReisner）接任金陵大學(xué)農(nóng)林科科長(zhǎng)，任職10多年，他聘請(qǐng)美國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)家和曾留學(xué)美國(guó)的中國(guó)學(xué)者任教職，并將美國(guó)高等農(nóng)業(yè)教育的辦學(xué)經(jīng)驗(yàn)引入，使金大農(nóng)科從辦學(xué)宗旨到專業(yè)設(shè)置，課程配套以至教學(xué)、行政管理方面都按美國(guó)高等農(nóng)業(yè)教育模式辦理。1930年，金陵大學(xué)將原來(lái)的文理科擴(kuò)充為文學(xué)院、理學(xué)院，農(nóng)林科也擴(kuò)充為農(nóng)學(xué)院。同時(shí)，燕京大學(xué)農(nóng)業(yè)速成科停辦，原有的資產(chǎn)轉(zhuǎn)入金陵大學(xué)農(nóng)學(xué)院，一批畢業(yè)于國(guó)外農(nóng)學(xué)院的教師回到金陵大學(xué)任教，師資力量得到了擴(kuò)充。國(guó)立中央大學(xué)農(nóng)學(xué)院時(shí)期（1928一1937）1928年5月，國(guó)民政府始改第四中山大學(xué)為國(guó)立中央大學(xué)。農(nóng)學(xué)院也成為國(guó)立中央大學(xué)農(nóng)學(xué)院。1949年4月，南京解放，中央大學(xué)農(nóng)學(xué)院的教學(xué)工作未受影響。1949年8月8日，根據(jù)南京市軍管會(huì)文教委員會(huì)通知，國(guó)立中央大學(xué)改名為國(guó)立南京大學(xué)。12日，成立國(guó)立南京大學(xué)校務(wù)委員會(huì)，中央大學(xué)農(nóng)學(xué)院也隨之更名為南京大學(xué)農(nóng)學(xué)院。抗戰(zhàn)勝利后，金陵大學(xué)回遷至南京漢口路原址，并于9月份如期開學(xué)。根據(jù)華東軍政委員會(huì)教育部的決定及《金陵大學(xué)、金陵女子文理學(xué)院兩校合并籌備委員會(huì)擬具的兩校合并方案》，1951年9月，兩校合并為公立金陵大學(xué)。至此，金陵大學(xué)農(nóng)學(xué)院結(jié)束了37年的教會(huì)學(xué)校歷史。1952年10月20日，由于全國(guó)的院系調(diào)整，主要由金陵大學(xué)農(nóng)學(xué)院、南京大學(xué)農(nóng)學(xué)院和浙江大學(xué)農(nóng)學(xué)院部分系科合并成立的南京農(nóng)學(xué)院正式開學(xué)上課。1963年國(guó)務(wù)院決定將南京農(nóng)學(xué)院列為全國(guó)重點(diǎn)高校，由農(nóng)業(yè)部和江蘇省雙重領(lǐng)導(dǎo)，以農(nóng)業(yè)部為主。此時(shí)的南京農(nóng)學(xué)院已有在校本科生2500名，專科生500余名，同時(shí)繼續(xù)舉辦函授專修科。1966年5月至1976年10月，中國(guó)發(fā)生了一場(chǎng)史無(wú)前例的“文化大革命”。這場(chǎng)動(dòng)亂首先從文化、教育戰(zhàn)線開始，使得各級(jí)的學(xué)校遭到了前所未有的破壞，高等農(nóng)業(yè)院校也被迫經(jīng)歷了撤銷、搬遷、并校的過(guò)程。南京農(nóng)學(xué)院也在搬遷并校中，受到了嚴(yán)重破壞，教學(xué)科研工作限于停頓。1971年底，江蘇省革委會(huì)決定南京農(nóng)學(xué)院與蘇北農(nóng)學(xué)院合并，改名為江蘇農(nóng)學(xué)院，師生、圖書、設(shè)備全部遷往揚(yáng)州市。南農(nóng)被合并后，所屬農(nóng)業(yè)遺產(chǎn)研究室和小麥品種研究室劃歸江蘇省農(nóng)科院，原有衛(wèi)崗校舍與校園上地，被其他單位占用，所有農(nóng)、牧場(chǎng)被限期交給南京市。1979年1月，中共中央辦公廳發(fā)出了“關(guān)于南京農(nóng)學(xué)院復(fù)校問(wèn)題”的電報(bào)指示，1979年1月11日，中共農(nóng)林部黨組、中共江蘇省委聯(lián)合提出了“貫徹中央關(guān)于南京農(nóng)學(xué)院復(fù)校問(wèn)題的實(shí)施意見”。不久，由農(nóng)林部和江蘇省革委會(huì)聯(lián)合向國(guó)務(wù)院報(bào)告，恢復(fù)南京農(nóng)學(xué)院為全國(guó)重點(diǎn)學(xué)校，實(shí)行農(nóng)林部和江蘇省雙重領(lǐng)導(dǎo)，以部為主的領(lǐng)導(dǎo)體制。1979年，南京農(nóng)學(xué)院在原校址恢復(fù)建制，江蘇農(nóng)學(xué)院仍在揚(yáng)州校址辦學(xué)。1984年7月31日，教育部、農(nóng)牧漁業(yè)部同意南京農(nóng)學(xué)院更名為南京農(nóng)業(yè)大學(xué)，10月20日召開了成立大會(huì)暨慶祝校慶70年大會(huì)。1998年12月，南京農(nóng)業(yè)大學(xué)正式進(jìn)入全國(guó)“211工程”重點(diǎn)建設(shè)的大學(xué)行列。1999年4月，首批通過(guò)全國(guó)高校本科教學(xué)工作優(yōu)秀評(píng)價(jià)。2000年2月，由農(nóng)業(yè)部劃轉(zhuǎn)教育部直接管理。2000年6月，建立研究生院，是全國(guó)56所具有研究生院的高校之一。2007年4月，再次以優(yōu)秀成績(jī)通過(guò)教育部本科教學(xué)工作水平評(píng)估。