截至2013年9月，該校有財經(jīng)學(xué)院、工商管理學(xué)院、水產(chǎn)學(xué)院、生物工程學(xué)院、體育學(xué)院、財經(jīng)學(xué)院、教師教育學(xué)院、工商管理學(xué)院、信息工程學(xué)院、計算機(jī)工程學(xué)院、機(jī)械與能源工程學(xué)院、理學(xué)院、外國語學(xué)院、政法學(xué)院、文學(xué)院、工程技術(shù)學(xué)院、成人教育學(xué)院、海外教育學(xué)院、音樂學(xué)院、美術(shù)學(xué)院等20個二級學(xué)院，另設(shè)有1個獨(dú)立學(xué)院——集美大學(xué)誠毅學(xué)院 。

專業(yè)設(shè)置：學(xué)院專業(yè)科類層次學(xué)制航海學(xué)院交通運(yùn)輸理工本科四航海技術(shù)理工本科四物流管理理工本科四輪機(jī)工程學(xué)院電氣工程及其自動化理工本科四輪機(jī)工程理工本科四船舶電子電氣工程理工本科四船舶與海洋工程理工本科四水產(chǎn)學(xué)院動物科學(xué)理工本科四水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)理工本科四海洋漁業(yè)科學(xué)與技術(shù)理工本科四動植物檢疫理工本科四食品與生物工程學(xué)院食品科學(xué)與工程類（食品科學(xué)與工程、生物工程、環(huán)境工程）理工本科四體育學(xué)院體育教育體育（文、理）本科四社會體育指導(dǎo)與管理體育（文、理）本科四運(yùn)動訓(xùn)練體育單招本科四武術(shù)與民族傳統(tǒng)體育體育單招本科四財經(jīng)學(xué)院經(jīng)濟(jì)學(xué)文、理本科四國際經(jīng)濟(jì)與貿(mào)易文、理本科四財政學(xué)文、理本科四金融學(xué)文、理本科四投資學(xué)文、理本科四會計學(xué)文、理本科四教師教育學(xué)院教育技術(shù)學(xué)理工本科四學(xué)前教育文、理本科四小學(xué)教育(語文方向)文史本科四小學(xué)教育(數(shù)學(xué)方向)理工本科四工商管理學(xué)院工商管理文、理本科四市場營銷文、理本科四旅游管理文、理本科四電子商務(wù)理工本科四音樂學(xué)院音樂學(xué)藝術(shù)（文、理）本科四音樂表演藝術(shù)（文、理）本科四舞蹈表演藝術(shù)（文、理）本科四美術(shù)學(xué)院美術(shù)學(xué)藝術(shù)（文、理）本科四視覺傳達(dá)設(shè)計藝術(shù)（文）本科四動畫藝術(shù)（文）本科四環(huán)境設(shè)計藝術(shù)（文）本科四環(huán)境設(shè)計（閩臺合作項(xiàng)目）藝術(shù)（文、理）本科四信息工程學(xué)院電子信息工程理工本科四通信工程理工本科四電子科學(xué)與技術(shù)理工本科四計算機(jī)工程學(xué)院計算機(jī)科學(xué)與技術(shù)理工本科四軟件工程理工本科四網(wǎng)絡(luò)工程理工本科四信息管理與信息系統(tǒng)文、理本科四機(jī)械與能源工程學(xué)院機(jī)械類（含機(jī)械類、能源動力類）理工本科四機(jī)械設(shè)計制造及其自動化（閩臺合作項(xiàng)目）理工本科四理學(xué)院數(shù)學(xué)與應(yīng)用數(shù)學(xué)理工本科四信息與計算科學(xué)理工本科四應(yīng)用物理學(xué)理工本科四地理信息科學(xué)理工本科四光電信息科學(xué)與工程理工本科四光電信息科學(xué)與工程（閩臺合作項(xiàng)目）理工本科四外國語學(xué)院英語(師范)文、理本科四英語文、理本科四日語文、理本科四翻譯文、理本科四政法學(xué)院法學(xué)文史本科四法學(xué)(海商法方向)文、理本科四社會工作文史本科四文學(xué)院漢語言文學(xué)文史本科四漢語言文學(xué)(商務(wù)秘書方向)文史本科四漢語國際教育文史本科四工程技術(shù)學(xué)院工程管理理工本科四教育部指定預(yù)科班培養(yǎng)基地民族預(yù)科班文、理預(yù)科一截至2014年8月31日，該校共有專任教師1524人，外聘教師169人，折合教師總數(shù)1609人，其中高級職稱760人，中級職稱701人；博士、碩士學(xué)位1168人。有***教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個，省級教學(xué)團(tuán)隊(duì)7個 。截至2011年，該校有1人入選 “新世紀(jì)百千萬人才工程”***人選，13人入選“福建省百千萬人才工程”，7人入選“福建省高等學(xué)校新世紀(jì)優(yōu)秀人才支持計劃”，雙聘院士5人。 ***教學(xué)團(tuán)隊(duì)：輪機(jī)工程學(xué)科教學(xué)團(tuán)隊(duì)省級教學(xué)團(tuán)隊(duì)：微生物學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、機(jī)械工程學(xué)科教學(xué)團(tuán)隊(duì)、輪機(jī)工程學(xué)科教學(xué)團(tuán)隊(duì)、水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、船舶與海洋工程專業(yè)核心課程教學(xué)團(tuán)隊(duì)、公共數(shù)學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、航海技術(shù)教學(xué)團(tuán)隊(duì) 截至2013年9月，該校建有2個一級學(xué)科博士點(diǎn)，9個一級學(xué)科碩士學(xué)位授予點(diǎn)（覆蓋56個二級學(xué)科碩士點(diǎn)），2個碩士專業(yè)學(xué)位點(diǎn)（10個領(lǐng)域）。本科專業(yè)覆蓋工學(xué)、農(nóng)學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、管理學(xué)、教育學(xué)、理學(xué)、文學(xué)、法學(xué)和藝術(shù)學(xué)等9個學(xué)科門類。有2個一級學(xué)科被列入福建省特色重點(diǎn)學(xué)科，8個一級學(xué)科列入省級重點(diǎn)學(xué)科 。福建省特色重點(diǎn)學(xué)科（2個）水產(chǎn)、船舶與海洋工程 福建省省級重點(diǎn)學(xué)科（8個）水產(chǎn)、食品科學(xué)與工程、船舶與海洋工程、交通運(yùn)輸工程、體育學(xué)、數(shù)學(xué)、應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、中國語言文學(xué) 一級學(xué)科博士點(diǎn)（2個）水產(chǎn)學(xué)、船舶與海洋工程 一級學(xué)科碩士點(diǎn)（9個）水產(chǎn)學(xué)、生物學(xué)、食品科學(xué)與工程、交通運(yùn)輸工程、船舶與海洋、體育學(xué)、應(yīng)用經(jīng)濟(jì)學(xué)、數(shù)學(xué)、中國語言文學(xué) 碩士專業(yè)學(xué)位點(diǎn)（4個）農(nóng)業(yè)推廣碩士、工程碩士、教育碩士、稅務(wù)碩士截至2013年9月，該校有4個***特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，1個***教學(xué)團(tuán)隊(duì)，1個***實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心，1個***本科專業(yè)綜合改革試點(diǎn)項(xiàng)目。11個省級特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)，11個省級專業(yè)綜合改革試點(diǎn)，37門省級精品課程 。建有水產(chǎn)科學(xué)與技術(shù)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心、生命科學(xué)基礎(chǔ)教學(xué)示范中心、電工電子實(shí)驗(yàn)中心、機(jī)械基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)中心等省級實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心和福建省水產(chǎn)學(xué)研究生教育創(chuàng)新基地等省級研究生教育創(chuàng)新基地 。2013年，該校在福建、安徽等12個省份進(jìn)入本一批招生，其中福建、安徽、河南、西藏、山西五省除航海類水上專業(yè)外，其余文理科招生專業(yè)安排在本一批；江西、貴州、甘肅、河北、四川、江蘇、云南等七個省份有部分招生專業(yè)升格為本一批招生 。設(shè)有福建省“中國近現(xiàn)代史綱要”課程教師培訓(xùn)與研修基地 。***特色專業(yè)（4個）輪機(jī)工程、財政學(xué)、航海技術(shù)、水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)省級特色專業(yè)（10個）水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)、食品科學(xué)與工程、輪機(jī)工程、財政學(xué)、法學(xué)、航海技術(shù)、計算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、會計學(xué)、民族傳統(tǒng)體育、熱能與動力工程***實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心（1個）海上專業(yè)實(shí)驗(yàn)中心***本科專業(yè)綜合改革試點(diǎn)項(xiàng)目（1個）航海技術(shù)省級專業(yè)綜合改革試點(diǎn)（11個）水產(chǎn)養(yǎng)殖學(xué)、航海技術(shù)、食品科學(xué)與工程、機(jī)械設(shè)計制造及其自動化、輪機(jī)工程、小學(xué)教育、通信工程、船舶與海洋工程、熱能與動力工程、計算機(jī)科學(xué)與技術(shù)、光信息科學(xué)與技術(shù)省級精品課程（37門）高等數(shù)學(xué)、航海學(xué)、大學(xué)物理、宏觀經(jīng)濟(jì)學(xué)、編譯原理、微生物學(xué)（含實(shí)驗(yàn)）、田徑、企業(yè)理財學(xué)、機(jī)械原理、中國古代文學(xué)、有機(jī)化學(xué)（含實(shí)驗(yàn)）、機(jī)械設(shè)計基礎(chǔ)、WEB編程技術(shù)、會計學(xué)、船舶輔機(jī)、財政學(xué)、運(yùn)動生理學(xué)、航海雷達(dá)與ARPA、船舶電氣設(shè)備及系統(tǒng)、武術(shù)專項(xiàng)理論與實(shí)踐、生化工程、食品分析、外國文學(xué)、社區(qū)工作、航海自動化基礎(chǔ)、船舶柴油機(jī)、軟件工程、生物統(tǒng)計與計算機(jī)輔助分析、排球、教育學(xué)、電腦音樂、遠(yuǎn)洋業(yè)務(wù)與海商法、動物生理學(xué)、傳熱學(xué)、船舶貨運(yùn)、水產(chǎn)動物病理學(xué)、食品原料學(xué)省級人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)（8個）小學(xué)教育專業(yè)人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、基于強(qiáng)化實(shí)踐技能的輪機(jī)工程專業(yè)復(fù)合型人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、機(jī)械設(shè)計制造及其自動化專業(yè)人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、航海技術(shù)專業(yè)應(yīng)用性人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、應(yīng)用型創(chuàng)新人才工程訓(xùn)練實(shí)踐教學(xué)創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、三化結(jié)合理念下嵌入式與智能信息處理人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、食品科學(xué)與工程專業(yè)人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、社會體育專業(yè)人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)