為配合澳門政權(quán)移交過渡期的人力資源需求，1988年澳門基金會(huì)收購東亞大學(xué)并進(jìn)行重組，設(shè)立文學(xué)院、工商管理學(xué)院、社會(huì)及人文科學(xué)學(xué)院和科技學(xué)院，將三年制課程改為四年制；隨后，又設(shè)立法學(xué)院和教育學(xué)院。

教學(xué)語言仍以英語為主。1991年，東亞大學(xué)轉(zhuǎn)為澳門大學(xué)，原東亞大學(xué)理工學(xué)院和公開學(xué)院分別獨(dú)立為澳門理工學(xué)院和澳門城市大學(xué)（原亞洲(澳門)國際公開大學(xué) ），澳門高等教育體系初步形成 。1991年制定新大學(xué)章程，東亞大學(xué)正式改名為公立澳門大學(xué)，并以培養(yǎng)澳門人才為目標(biāo) 。大學(xué)重組后，提升為本科層次高校，并保留一批?？茖哟螌I(yè)，學(xué)生人數(shù)急劇上升，由最初的數(shù)百人升至目前的五千多人，而澳門本地學(xué)生的比重也由建校時(shí)所占的39%增至目前的90%。