1994年，鄧肯進(jìn)入維克森林大學(xué)心理學(xué)專業(yè)就讀，在大學(xué)期間繼續(xù)打籃球，鄧肯在維克森林大學(xué)的首場(chǎng)比賽對(duì)手是阿拉斯加大學(xué)，比賽中鄧肯一分未得。

此后，鄧肯開始了高強(qiáng)度的自我訓(xùn)練。鄧肯在大學(xué)二年級(jí)時(shí)，一場(chǎng)對(duì)陣華萊士的比賽中，鄧肯獨(dú)得25分。而杰里·韋斯特認(rèn)定鄧肯將會(huì)成為1995年NBA的新秀狀元，但是鄧肯最終選擇留在大學(xué)直至畢業(yè)。此后兩年，鄧肯得到了大量的鍛煉機(jī)會(huì)，造就了其的進(jìn)攻實(shí)力，并且三次成為大西洋海岸最佳大學(xué)籃球運(yùn)動(dòng)員。。1997年，鄧肯場(chǎng)均得分達(dá)20.8分，場(chǎng)均籃板達(dá)14.7個(gè)并贏得NCAA的約翰壺特大獎(jiǎng)。成為了維克森林大學(xué)的 最佳運(yùn)動(dòng)員。鄧肯是NCAA的歷史上第十個(gè)在大學(xué)期間同時(shí)獲得超過2000分和1500個(gè)籃板的籃球運(yùn)動(dòng)員，也成為第一個(gè)同時(shí)達(dá)到1500分、1000個(gè) 籃板、400個(gè)蓋帽和200個(gè)助攻的籃球運(yùn)動(dòng)員。