盡管大多數(shù)科學(xué)家接受了達(dá)爾文和華萊士的進(jìn)化論和自然選擇的思想，但公眾的跟進(jìn)卻要慢上一拍。

許多人認(rèn)為達(dá)爾文主義是無(wú)神論，其實(shí)，達(dá)爾文為此也有過(guò)一番長(zhǎng)期且費(fèi)力的思想斗爭(zhēng)。如果有機(jī)體是通過(guò)自然選擇這一機(jī)制獲得適應(yīng)，那么，在創(chuàng)世或者世界及其生物的持續(xù)發(fā)展中，上帝的位置在哪里呢？華萊士基于自己的觀察，獨(dú)立地形成了許多和達(dá)爾文一樣的進(jìn)化思想。有些科學(xué)家也強(qiáng)烈地表示反感。英國(guó)牛津大學(xué)的著名地質(zhì)學(xué)家歐文（Richard Owens，1804—1892）和美國(guó)哈佛大學(xué)的阿加西斯（Louis Agassiz，1807—1873）就是科學(xué)陣營(yíng)中最強(qiáng)烈的反對(duì)者。阿加西斯是一位聲譽(yù)卓著、知識(shí)淵博的博物學(xué)家，尤擅長(zhǎng)于學(xué)術(shù)普及。他堅(jiān)持認(rèn)為，地球上的有機(jī)體是通過(guò)造物主的一系列創(chuàng)造過(guò)程而形成的。根據(jù)這一觀點(diǎn)，有機(jī)體隨著時(shí)間的流逝變得越來(lái)越復(fù)雜，并且越來(lái)越適應(yīng)其環(huán)境，這正是一系列超自然創(chuàng)造的結(jié)果。塞治威克（Adam Sedgwiek，1785—1873）是劍橋大學(xué)的保守派地質(zhì)學(xué)家，他是達(dá)爾文學(xué)說(shuō)的又一位反對(duì)者。1865年在提及他的同事萊伊爾時(shí)說(shuō)道：“萊伊爾會(huì)容納整個(gè)（進(jìn)化）理論，對(duì)此我毫不奇怪，因?yàn)闆](méi)有它，他所解釋的地質(zhì)學(xué)要義就會(huì)沒(méi)法成立?！麄兛梢园此麄兊囊庠竵?lái)修飾它，但是這種變異理論，十之八九，會(huì)以十足的唯物主義告終。”如果一個(gè)物種是從另一個(gè)物種演變而來(lái)，對(duì)于大多數(shù)人來(lái)說(shuō)，它就會(huì)引出這一令人不安的觀點(diǎn)，亦即人類必然是從非人類的祖先演變而來(lái)，盡管達(dá)爾文在他的書(shū)中竭力避免這一說(shuō)法。赫胥黎：進(jìn)化論和達(dá)爾文自然選擇理論的捍衛(wèi)者。爭(zhēng)論變得越來(lái)越激烈。諷刺達(dá)爾文類似于猿的漫畫(huà)出現(xiàn)在報(bào)紙上。論文和講演在各處涌現(xiàn)。達(dá)爾文一直沉浸于女兒安妮的不幸夭折所帶來(lái)的悲痛之中，自己又在生病，而爭(zhēng)論使他的病情更為加重。他無(wú)論如何也沒(méi)有心情卷入論戰(zhàn)之中。就在這時(shí)，赫胥黎（Thomas Henry Huxley，1825—1895）出現(xiàn)了，在饒有興致地讀過(guò)《物種起源》（他捫心自問(wèn)：我為什么沒(méi)有想到這些？）之后，他挺身而出，完全站在達(dá)爾文一邊。他自稱為“達(dá)爾文的斗犬”（赫胥黎熱衷于激烈的辯論），無(wú)論何時(shí)何地，只要可能，他就熱忱地對(duì)進(jìn)化問(wèn)題進(jìn)行辯論。在英國(guó)科學(xué)促進(jìn)協(xié)會(huì)發(fā)起的一場(chǎng)聲勢(shì)浩大的辯論會(huì)上，在700位聽(tīng)眾面前，赫胥黎遇到了牛津的主教威爾伯福斯（Samuel Wilberforce，1805—1873）（由于他的精于世故和伶牙俐齒，被人們稱為“狡猾的薩姆”）。但是，威爾伯福斯，也許已受歐文所謂“事實(shí)”的影響，在維多利亞時(shí)代的聽(tīng)眾們面前大丟面子，因?yàn)樗粦押靡獾貑?wèn)赫胥黎，他的父母譜系中，誰(shuí)是猿的后代，父系還是母系？赫胥黎知道自己可以出牌反擊了。聽(tīng)眾正等著一場(chǎng)表演，機(jī)靈的赫胥黎滿足了這一愿望，他坦然回答，寧愿來(lái)自猿的后代，也不愿來(lái)自這樣一位有教養(yǎng)的人，竟然在嚴(yán)肅的科學(xué)爭(zhēng)論中引入這樣一個(gè)問(wèn)題。威爾伯福斯無(wú)言以對(duì)。1863年，萊伊爾以《人類古老性的地質(zhì)學(xué)證據(jù)》（Geological Evidence of the Antiquity of Man）一書(shū)加入這場(chǎng)論戰(zhàn)。他站在達(dá)爾文主義這一邊，盡管比他朋友所希望的還是有點(diǎn)軟弱。他指出，人類或類人生物在地球表面必定已經(jīng)生存了成千上萬(wàn)年。但是他沒(méi)有公開(kāi)說(shuō)他相信變異，也沒(méi)有說(shuō)人就是從類猿生物演化而來(lái)。1871年，達(dá)爾文出版了《人類的由來(lái)及性選擇》（The Descent of Man，and Selection inRelation to Sex）一書(shū)，其中他通過(guò)相當(dāng)多的研究證據(jù)，來(lái)支持人類源于動(dòng)物的思想。他指出，人耳上殘存的耳郭，其中有些肌肉顯然是用于移動(dòng)耳朵的。他還提到，脊柱底部的尾骨，是痕跡器官的又一例證，顯然它是人種演變過(guò)程中的早期遺留產(chǎn)物。在某些領(lǐng)域中，反對(duì)之聲持續(xù)不斷——蕭伯納（George Bernard Shaw，1856—1950）也在反對(duì)達(dá)爾文主義，他相信的是拉馬克主義和某種神秘的生命力。直到1936年，威爾士（HerbertGeorge Wells，1866—1946）寫(xiě)作《槌球運(yùn)動(dòng)員》（Croquet Player），其中考察了有文化的英國(guó)貴族在面對(duì)“體內(nèi)獸性”這一知識(shí)時(shí)所表現(xiàn)出的不安。但是大多數(shù)人在19世紀(jì)末都已改變立場(chǎng)，除非是那些反對(duì)者，因?yàn)樗麄儼堰M(jìn)化論看做是圣經(jīng)創(chuàng)世故事的對(duì)立面。