1910年，大學(xué)成立之初設(shè)文、理、教育三科，開(kāi)哲學(xué)、英文、中文、歷史、經(jīng)濟(jì)學(xué)、物理、化學(xué)、生物、解剖學(xué)、教育學(xué)等課程。

1913年設(shè)醫(yī)科，1914年設(shè)牙科；1927～1928年醫(yī)牙兩科合并為 8年制醫(yī)牙學(xué)院。1933年華西協(xié)合大學(xué)正式立案后，分設(shè)文、理、醫(yī)牙三學(xué)院。1920年后大學(xué)逐漸向少數(shù)優(yōu)秀畢業(yè)生同時(shí)授予華西協(xié)和大學(xué)和美國(guó)紐約州立大學(xué)醫(yī)學(xué)博士學(xué)位，1934年后者正式接受華西協(xié)和大學(xué)為兄弟校，授予醫(yī)牙學(xué)院畢業(yè)生醫(yī)學(xué)博士和牙學(xué)博士學(xué)位，授予文學(xué)院和理學(xué)院畢業(yè)生文學(xué)士和理學(xué)士學(xué)位，發(fā)給文憑。1914-1949年期間共招收博士研究生682人，碩士研究生16人，其中授予博士學(xué)位592人，碩士學(xué)位6人。