1950年1月12日，解放軍代表組進駐華西協(xié)和大學。

1951年10月6日，人民政府正式從外國教會手中收回華大的教育主權(quán)。1952年院系調(diào)整中，華西協(xié)和大學被肢解，學校醫(yī)學院接收了重慶大學醫(yī)學院后建立四川醫(yī)學院（1953年定名為四川醫(yī)學院，20世紀80年代改成華西醫(yī)科大學，2000年并入四川大學，成為如今的四川大學華西醫(yī)學中心，原校區(qū)也成為了現(xiàn)在的四川大學華西校區(qū))；文理哲學院被合并，藏品豐富的歷史博物館則調(diào)整到川大，其中社會學系及民族學(即人類學)組于半年后年從四川大學劃并入西南民族學院(今西南民族大學)；工學院被合并給成都科技大學(1997年與四川大學合并為四川聯(lián)合大學)；農(nóng)學院被合并給四川農(nóng)學院（今四川農(nóng)業(yè)大學，遷至雅安)。