2011年至2016年3月，該校在《科學》、《自然》、《細胞》及其子刊等國際高水平學術(shù)期刊上發(fā)表論文50余篇；獲國家自然科學二等獎4項，獲教育部自然科學一等獎1項、二等獎3項；1項成果入選“中國科學十大進展”，2項成果入選“中國高校十大科技進展”，1項成果獲中國專利金獎。

承擔了國家社科基金項目174項（其中國家社科基金重大項目15項），教育部哲社研究重大課題攻關項目10項；32項成果獲教育部第六屆、第七屆高等學?？茖W研究優(yōu)秀成果獎（人文社會科學），其中一等獎3項；廈門大學在 研究、南洋研究、高教研究、經(jīng)濟研究、會計研究、南海研究等領域已經(jīng)形成自身特色，實力居國內(nèi)高校前列。2015年，學?？蒲薪?jīng)費近10.88億元。在2010年全球最著名的兩大科技期刊之一的《Nature》發(fā)布的《自然出版指數(shù)2010中國》（Nature Publishing Index 2010 China）這份報告中，廈門大學科研實力位居國內(nèi)所有科研機構(gòu)第9名 。國際權(quán)威學術(shù)期刊英國《自然》雜志發(fā)布的《自然出版指數(shù)2011—中國》報告顯示，廈門大學位列中國十大科研機構(gòu)的第六位 。 截至2016年3月，學校設有200多個研究機構(gòu)，其中***協(xié)同創(chuàng)新中心2個，國家重點實驗室4個，國家工程實驗室1個，國家工程技術(shù)研究中心1個，國家地方聯(lián)合工程實驗室3個，教育部重點實驗室5個，教育部工程研究中心3個，教育部人文社科重點研究基地5個。廈門大學國家大學科技園是福建省內(nèi)僅有的兩個經(jīng)科技部、教育部認定的***大學科技園之一。學校還設有廈門大學國學研究院、廈門大學公共政策研究院、廈門大學知識產(chǎn)權(quán)研究院、廈門大學王亞南經(jīng)濟研究院、廈門大學財務管理與會計研究院、廈門國際法高等研究院、廈門大學教育研究院、廈門大學 研究院、廈門大學南洋研究院、廈門大學海峽兩岸發(fā)展研究院、廈門大學南海研究院、薩本棟微米納米科學技術(shù)研究院、廈門大學生物仿生及軟物質(zhì)研究院、海洋與海岸帶發(fā)展研究院等14個研究院以及兩岸關系和平發(fā)展協(xié)同創(chuàng)新中心、能源材料化學協(xié)同創(chuàng)新中心等科研平臺 。國家重點實驗室固體表面物理化學國家重點實驗室、近海海洋環(huán)境科學國家重點實驗室、細胞應激生物學國家重點實驗室、分子疫苗學與分子診斷學國家重點實驗室國家工程研究中心國家傳染病診斷試劑與疫苗工程技術(shù)研究中心國家工程實驗室醇醚酯化工清潔生產(chǎn)國家工程實驗室國家地方聯(lián)合工程實驗室天然產(chǎn)物源靶向藥物國家地方聯(lián)合工程實驗室、新能源汽車動力電源技術(shù)國家地方聯(lián)合工程實驗室教育部重點實驗室譜學分析與儀器教育部重點實驗室、水聲通信與海洋信息技術(shù)教育部重點實驗室、濱海濕地生態(tài)系統(tǒng)教育部重點實驗室、高性能陶瓷纖維教育部重點實驗室、計量經(jīng)濟學教育部重點實驗室教育部批準設立的研究機構(gòu)廈門大學歷史研究所、廈門大學人類學研究所、廈門大學中國語言文學研究所、廈門大學海外華文教育研究所、廈門大學經(jīng)濟研究所、廈門大學宏觀經(jīng)濟研究中心、廈門大學會計發(fā)展研究中心、東南亞研究中心、（中國）廈門大學馬來西亞研究所、廈門大學高等教育科學研究所、廈門大學高等教育發(fā)展研究中心、廈門大學 研究中心、微納光電子材料與器件教育部工程研究中心、電化學技術(shù)教育部工程研究中心、教育部物理化學研究所、教育部寄生動物學研究室（廈門大學）、教育部細胞生物學研究室（廈門大學）、廈門大學亞熱帶海洋研究所、中國海關史研究中心、國家農(nóng)村社會保險研究中心（勞動與社會保障部委托）、分子診斷教育部工程研究中心福建省重點實驗室福建省等離子體與磁共振研究重點實驗室、福建省半導體材料及應用重點實驗室、福建省高校微納米系統(tǒng)重點實驗室、福建省高校化石能源化學與化工重點實驗室、福建省化學生物學重點實驗室、福建省高校無機化學與功能材料重點實驗室、福建省高校特種陶瓷重點實驗室、福建省特種先進材料重點實驗室、福建省藥物工程實驗室、福建省高校生物醫(yī)學工程重點實驗室、福建省亞熱帶濕地生態(tài)學重點實驗室、福建省資源微生物重點實驗室、福建省神經(jīng)退行性疾病及衰老研究重點實驗室、福建省眼科與視覺科學重點實驗室、福建省海陸界面生態(tài)環(huán)境重點實驗室、福建省防火阻燃材料重點實驗室、福建省仿腦智能系統(tǒng)重點實驗室、福建省器官與組織再生實驗室、福建省材料基因工程實驗室、福建省柔性功能材料實驗室、福建省智慧城市感知與計算實驗室、福建省藥物新靶點研究實驗室福建省研究中心福建經(jīng)濟研究中心（省校共建）、福建女性發(fā)展研究中心（省校共建）、福建省半導體照明工程技術(shù)研究中心、廈門大學集成電路設計工程技術(shù)研究中心、福建省醫(yī)學分子病毒研究中心、福建省抗癌研究中心、福建省濱海濕地保護與生態(tài)恢復工程技術(shù)研究中心、福建省陶瓷纖維工程技術(shù)研究中心、福建省納米制造工程技術(shù)研究中心、福建省核能工程技術(shù)研究中心、福建省數(shù)據(jù)挖掘研究中心、福建省立法研究中心、福建省財稅金融法治研究中心 館藏資源截至2014年12月，廈門大學圖書館共有紙本館藏為481.8萬冊，電子館藏443.2萬冊，合計總館藏量為925萬冊；另訂購有在線電子期刊6萬種，其中中文期刊2.8萬種，外文期刊3.2萬種。圖書館文獻收藏涉及各學科領域，尤以哲學、管理學、政治學、法學、經(jīng)濟學、語言學、歷史學、數(shù)學、物理學、化學、生物學、海洋學、機械與電子工程、計算機科學等學科領域的文獻更為系統(tǒng)，在東南亞研究和 研究的資料建設方面具有特色優(yōu)勢。館內(nèi)還擁有大量的古籍線裝書、光盤、錄音（像）帶、縮微平片等資源，是國家重點古籍保護單位。圖書館是中國高等教育文獻保障系統(tǒng)中主要的成員館之一，福建省文獻信息服務中心，是中國人文社會科學文獻中心學科中心之一，與15個國家和地區(qū)的200多家大學圖書館建立有館際互借和出版物交換關系，教育部在本館設有科技查新工作站 。學術(shù)刊物《廈門大學學報（自然科學版）》于1931年創(chuàng)刊，是由教育部主管，廈門大學主辦，國內(nèi)外公開發(fā)行的綜合性學術(shù)期刊（雙月刊），是中國自然科學核心期刊。主要刊載自然科學各學科的最新研究成果，包括自然科學基礎理論研究、應用基礎研究、高新技術(shù)方面的學術(shù)論文。1994年以來，被引頻次及影響因子均居全國綜合類高校前列，先后被國內(nèi)外多家核心期刊和數(shù)據(jù)庫收錄為刊源，多次被評為全國、華東地區(qū)、福建省的優(yōu)秀科技期刊。2001年入選國家新聞出版總署評定的“中國期刊方陣”；2003獲國家新聞出版總署頒發(fā)的“第二屆國家科技期刊百種重點期刊獎”；2006年、2008年蟬聯(lián)國家教育部科技司頒發(fā)的“中國高校精品科技期刊”獎；2008年榮獲“首屆福建省十佳期刊”。2009年在全國高校科技期刊“三優(yōu)”評比中被評為“編輯質(zhì)量優(yōu)秀期刊”。廈門大學學報（自然科學版）在2009年華東地區(qū)優(yōu)秀期刊評選中獲“第四屆華東地區(qū)優(yōu)秀期刊獎”。2010年榮獲“第三屆中國高校精品科技期刊獎”。2011年被評為“第2屆中國精品科技期刊”。2011年在《中國學術(shù)期刊評價報告》（2011-2012）中 被評為“RCCSE中國權(quán)威學術(shù)期刊” ?！稄B門大學學報（哲學社會科學版）》是廈門大學主辦、國家教育部主管的高層次的哲學社會科學綜合性學術(shù)刊物，2003年底首批入選教育部“哲學社會科學名刊工程”。根據(jù)清華大學中國學術(shù)期刊（光盤版）電子雜志社發(fā)布的《中國學術(shù)期刊影響因子年報》（人文社會科學·2010年版）的數(shù)據(jù)，2009年該刊在“中國學術(shù)期刊綜合評價數(shù)據(jù)庫”總被引3122頻次，復合影響因子1．692，位居全國綜合性人文社會科學期刊的第7位。此外，根據(jù)陜西師范大學圖書館“高校文科學報論文統(tǒng)計與分析課題組”2001-2006年做的統(tǒng)計報告，該刊1998-2002年五年的平均摘轉(zhuǎn)率，在全國文科學報中名列第一，2003-2005年三年的平均摘轉(zhuǎn)率名列第四；其中2001年第二，2002年第一，2003年第二，2004年第五，2005年第三。先后被選為全國各種文科“核心期刊”和各種評估系統(tǒng)的來源期刊，如“中文核心期刊要目總覽”（北京大學）、“中國人文社會科學核心期刊”（中國社會科學院）、“中文社會科學引文索引（CSSCI）選用期刊”（南京大學）等。在各類期刊評比中，也獲得了相應的榮譽。在中國人文社會科學學報學會舉辦的四次全國文科學報評優(yōu)中，都獲得最高獎項；近年先后被評為“華東地區(qū)優(yōu)秀期刊”、“首屆福建省十佳期刊” 。