學院堅持教學與科研相結合的原則，圍繞高可信計算與信息處理及計算機系統(tǒng)集成的研究方向，積極開展高性能計算、網(wǎng)格技術、智能信息處理、軟件形式化方法、網(wǎng)絡與多媒體和容錯計算等領域的科學研究。

學院設立了“先進計算和應用中心”及“網(wǎng)格技術研究室”等八個研究室，是上海市教委“高校網(wǎng)格技術 E-研究院”-----上海市高性能計算機與網(wǎng)格技術研發(fā)平臺的主體研究力量，也是上海大學先進計算和應用中心，上海大學高性能計算中心，上海市上大多媒體研究中心-----上海市多媒體應用技術研究中心三個跨學科研究基地的依托單位，年均科研經(jīng)費在千萬以上。學院自成立以來，已完成或正在完成的***和省部級項目近200項。在上海市科委的支持下，由李三立院士主持完成了集群式高性能計算機“自強2000”，標志著我院在并行計算機研究方面達到了國內(nèi)的先進水平。該項成果獲2001年上海市科技進步一等獎。目前集群式高性能計算機“上大自強3000”也已投入運行，上海高校網(wǎng)格主結點上大自強3000高性能計算機峰值速度為2.15萬億次/秒，Linpack值測試為1.51萬億次/秒，系統(tǒng)效率高達70%。在2004年全球超級計算機TOP500排名列126位，計算速度領先于劍橋等英國大學，日本多數(shù)大學，俄羅斯各大學所擁有的超級計算機。2004年中國TOP 100名列第6位，國內(nèi)高校名列第2位，達到當時的國際先進水平。截止2004年底，學院共獲國家、省、部（市）級科研成果獎30多項。此外，學院還積極開展與國內(nèi)外的學術交流，多次主辦國際會議。