根據(jù)提供的信息，19世紀(jì)末至20世紀(jì)初，中國赴日本留學(xué)的人數(shù)顯著增加。具體來看：

1896年，清政府開始派出第一批留日學(xué)生，共13人。

到了1900年，留日學(xué)生人數(shù)增加到100多人。

1902年，留學(xué)生人數(shù)為500多人。

1903年，留學(xué)生人數(shù)為1300多人。

1904年，留學(xué)生人數(shù)為2400多人。

1905年至1906年，留學(xué)生人數(shù)估計在10000人左右。

1906年，根據(jù)日本各學(xué)校調(diào)查數(shù)字匯總統(tǒng)計，清朝的留學(xué)生是7283人。

1907年，留學(xué)生人數(shù)為6797人。

1908年，留學(xué)生人數(shù)為5216人。

1909年，留學(xué)生人數(shù)為5266人。

1910年，留學(xué)生人數(shù)為3979人。

1911年，留學(xué)生人數(shù)為3328人。

從這些數(shù)據(jù)可以看出，在1896年至1911年間，中國赴日本留學(xué)的人數(shù)至少一萬人以上。特別是在1905年至1906年間，留學(xué)生人數(shù)可能達到了10000人到20000人之間。因此，可以說，在20世紀(jì)初，日本清朝的留學(xué)生人數(shù)至少在一萬人以上