港澳通行證和簽注都是去香港、澳門的的證件和流程，它們的區(qū)別主要是類型等不同，具體的區(qū)別是：
1、港澳通行證是大陸人民去香港澳門所必須辦理的證件，而簽注是對港澳通行證是否可以通關的審批。
2、有港澳通行證沒有簽注是不能去往香港和澳門的，而簽注不僅僅指的是給港澳通行證，在護照等方面也需要簽注審批的。
3、簽注指的是在證件表冊上批注意見或有關事項。而港澳通行證只是一種證件。



擴展資料：
內(nèi)地居民往來港澳簽注分為6個種類，即分為個人旅游（G）、探親（T）、商務（S）、團隊旅游（L）、其他（Q）、逗留（D）根據(jù)申請事由分類簽發(fā)。其中香港G簽和L簽的有效期都為：3個月1次、3個月2次、1年1次、1年2次四種有效簽注。澳門簽注只有3個月1次、1年1次申請。簽注規(guī)定每次在香港或者澳門逗留不超過7天，一進一出算一次。

以1年1次為例，不是表示1年內(nèi)只能去1次，而是指該簽注的有效期為1年，在1年以內(nèi)往返過港澳后，還可以再次申請簽注，申請次數(shù)沒有限制。如果1年內(nèi)不去，則該簽注過期無效，可再次申請。
參考資料來源：搜狗百科——簽注
參考資料來源：搜狗百科——港澳通行證