看來提問者已經(jīng)持有往來港澳通行證，你在廣州，可以由你在南京的親戚代辦，只需要提交你本人身份證的復(fù)印件、代辦人的身份證原件及復(fù)印件、你戶口簿原件及復(fù)印件、你委托代辦人代辦的書面委托、你的有效往來港澳通行證，到南京市局出入境管理處辦理。當(dāng)然，你的代辦人可以在南京市公安局出入境管理處大廳里通過自助申請(qǐng)機(jī)辦理，可以免去填表之累。
你可以申請(qǐng)三個(gè)月一次、三個(gè)月兩次、一年一次、一年兩次的個(gè)人赴港澳地區(qū)旅游，費(fèi)用是一次的20元，兩次的40元，如果是港澳兩地，再累加就是了。以上簽注每次在港澳的停留期都不得超過7天。時(shí)間的話，應(yīng)該說，不會(huì)太長(zhǎng)時(shí)間，尤其你是二次簽注，用不著10個(gè)工作日的。
你還可以在南京申請(qǐng)?zhí)乜鞂＿f，可以將辦好的證件直接寄到廣州你的手上。關(guān)于過境的問題，應(yīng)該說沒有什么問題的，你拿的是港澳自由行的簽注，自己走或隨團(tuán)走都可以，從廣州有穗港直通巴士，還可以從廣州坐船去香港，當(dāng)然了，你坐車到羅湖口岸或拱北口岸，步行過關(guān)也是可以的。
現(xiàn)在的通關(guān)效率也挺快。廣州直通巴士從皇崗過關(guān)，效率還可以。你還可以從一些小的口岸過關(guān)，人會(huì)少點(diǎn)。

赴港澳簽證問題？

和跟不跟團(tuán)沒關(guān)係, 自由行也可,

但大前提是香港-澳門加起來不可超過7天, 否則仍要1次香港1次澳門簽

是的,從香港到澳門,澳門是作為香港的附屬游,所以只要香港一次簽注就行